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Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

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Verfasst von:Creevey, Christopher J. [VerfasserIn]   i
 Arendt, Detlev [VerfasserIn]   i
 Bork, Peer [VerfasserIn]   i
Titel:Identifying single copy orthologs in metazoa
Verf.angabe:Christopher J. Creevey, Jean Muller, Tobias Doerks, Julie D. Thompson, Detlev Arendt, Peer Bork
E-Jahr:2011
Jahr: December 1, 2011
Umfang:12 S.
Fussnoten:Gesehen am 18.05.2017
Titel Quelle:Enthalten in: Public Library of SciencePLoS Computational Biology
Ort Quelle:San Francisco, Calif. : Public Library of Science, 2005
Jahr Quelle:2011
Band/Heft Quelle:7(2011,12) Artikelummer e1002269, 12 Seiten
ISSN Quelle:1553-7358
Abstract:Author Summary The correct identification of single copy (1-to-1) orthologs is crucial for functional classification of genes and for phylogenetic studies of groups of organisms, including the Metazoa. Nevertheless, despite the recent increase in the number of genomes and short sequence read datasets (e.g. ESTs) from the Metazoa, we know little about their completeness and how useful they may be for phylogenetic studies. Here we describe a novel approach for the identification of single copy gene families at any hierarchical level and demonstrate its effectiveness by identifying a set of over one thousand gene families that have been in single copy since the last common ancestor of the Metazoa. By comparing our orthologs to those predicted by other datasets we show that our procedure identifies a significantly larger set of single copy orthologs in the Metazoa. We then use this dataset to assess 24 metazoan genomes and 61 metazoan EST datasets for their completeness. We thus identify the underlying error rate in genome annotation and suggest a mechanism for assessing the quality of genomes and EST datasets in terms of their suitability for phylogenetic studies.
DOI:doi:10.1371/journal.pcbi.1002269
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kostenfrei: Volltext ; Verlag: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002269
 kostenfrei: Volltext: http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1002269
 DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002269
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
Sach-SW:Comparative genomics
 Genome annotation
 Genomic databases
 Multiple alignment calculation
 Phylogenetic analysis
 Phylogenetics
 Sequence alignment
 Sequence databases
K10plus-PPN:1558741305
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

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