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Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

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Verfasst von:Winz, Marie-Luise [VerfasserIn]   i
 Cahová, Hana [VerfasserIn]   i
 Nübel, Gabriele [VerfasserIn]   i
 Frindert, Jens [VerfasserIn]   i
 Höfer, Katharina [VerfasserIn]   i
 Jäschke, Andres [VerfasserIn]   i
Titel:Capture and sequencing of NAD-capped RNA sequences with NAD captureSeq
Verf.angabe:Marie-Luise Winz, Hana Cahová, Gabriele Nübel, Jens Frindert, Katharina Höfer & Andres Jäschke
Jahr:2017
Jahr des Originals:2016
Umfang:28 S.
Fussnoten:Published: 15 December 2016 ; Gesehen am 16.07.2018
Titel Quelle:Enthalten in: Nature protocols
Ort Quelle:Basingstoke : Nature Publishing Group, 2006
Jahr Quelle:2017
Band/Heft Quelle:12(2017), 1, Seite 122-149
ISSN Quelle:1750-2799
Abstract:Here we describe a protocol for NAD captureSeq that allows for the identification of nicotinamide-adenine dinucleotide (NAD)-capped RNA sequences in total RNA samples from different organisms. NAD-capped RNA is first chemo-enzymatically biotinylated with high efficiency, permitting selective capture on streptavidin beads. Then, a highly efficient library preparation protocol tailored to immobilized, 5′-modified RNA is applied, with adaptor ligation to the RNA's 3′ terminus and reverse transcription (RT) performed on-bead. Then, cDNA is released into solution, tailed, ligated to a second adaptor and PCR-amplified. After next-generation sequencing (NGS) of the DNA library, enriched sequences are identified by comparison with a control sample in which the first step of chemo-enzymatic biotinylation is omitted. Because the downstream protocol does not necessarily rely on NAD-modified but on 'clickable' or biotin-modified RNA, it can be applied to other RNA modifications or RNA-biomolecule interactions. The central part of this protocol can be completed in ∼7 d, excluding preparatory steps, sequencing and bioinformatic analysis.
DOI:doi:10.1038/nprot.2016.163
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Volltext ; Verlag: http://dx.doi.org/10.1038/nprot.2016.163
 Volltext: https://www.nature.com/articles/nprot.2016.163
 DOI: https://doi.org/10.1038/nprot.2016.163
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
K10plus-PPN:1577642430
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

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