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Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

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 Online-Ressource
Verfasst von:Bergmann, Frank T. [VerfasserIn]   i
 Olivier, Brett G. [VerfasserIn]   i
 Sahle, Sven [VerfasserIn]   i
 Waltemath, Dagmar [VerfasserIn]   i
Titel:Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) Level 1 Version 3 (L1V3)
Verf.angabe:Frank T. Bergmann, Jonathan Cooper, Matthias König, Ion Moraru, David Nickerson, Novère Nicolas Le, Brett G. Olivier, Sven Sahle, Lucian Smith, Dagmar Waltemath
E-Jahr:2018
Jahr:19.03.2018
Umfang:97 S.
Teil:volume:15
 year:2018
 number:1
 extent:97
Fussnoten:Gesehen am 24.06.2019
Titel Quelle:Enthalten in: Journal of integrative bioinformatics
Ort Quelle:Berlin : Walter de Gruyter GmbH, 2004
Jahr Quelle:2018
Band/Heft Quelle:15(2018,1) Artikel-Nummer 20170086, 97 Seiten
ISSN Quelle:1613-4516
Abstract:The creation of computational simulation experiments to inform modern biological research poses challenges to reproduce, annotate, archive, and share such experiments. Efforts such as SBML or CellML standardize the formal representation of computational models in various areas of biology. The Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) describes what procedures the models are subjected to, and the details of those procedures. These standards, together with further COMBINE standards, describe models sufficiently well for the reproduction of simulation studies among users and software tools. The Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) is an XML-based format that encodes, for a given simulation experiment, (i) which models to use; (ii) which modifications to apply to models before simulation; (iii) which simulation procedures to run on each model; (iv) how to post-process the data; and (v) how these results should be plotted and reported. SED-ML Level 1 Version 1 (L1V1) implemented support for the encoding of basic time course simulations. SED-ML L1V2 added support for more complex types of simulations, specifically repeated tasks and chained simulation procedures. SED-ML L1V3 extends L1V2 by means to describe which datasets and subsets thereof to use within a simulation experiment.
DOI:doi:10.1515/jib-2017-0086
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Volltext ; Verlag: https://doi.org/10.1515/jib-2017-0086
 Volltext: https://www.degruyter.com/view/j/jib.2018.15.issue-1/jib-2017-0086/jib-2017-0086.xml
 DOI: https://doi.org/10.1515/jib-2017-0086
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
Sach-SW:computational modeling
 reproducibility
 Simulation experiment
K10plus-PPN:1667838563
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

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