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Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

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 Online-Ressource
Verfasst von:Heinz, Leonard P. [VerfasserIn]   i
 Kopec, Wojciech [VerfasserIn]   i
 Groot, Bert L. de [VerfasserIn]   i
 Fink, Rainer [VerfasserIn]   i
Titel:In silico assessment of the conduction mechanism of the Ryanodine Receptor 1 reveals previously unknown exit pathways
Verf.angabe:Leonard P. Heinz, Wojciech Kopec, Bert L. de Groot & Rainer H. A. Fink
E-Jahr:2018
Jahr:02 May 2018
Umfang:12 S.
Fussnoten:Published: 02 May 2018 ; Gesehen am 27.08.2019
Titel Quelle:Enthalten in: Scientific reports
Ort Quelle:[London] : Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, 2011
Jahr Quelle:2018
Band/Heft Quelle:8(2018) article number: 6886 , 12 Seiten
ISSN Quelle:2045-2322
Abstract:The ryanodine receptor 1 is a large calcium ion channel found in mammalian skeletal muscle. The ion channel gained a lot of attention recently, after multiple independent authors published near-atomic cryo electron microscopy data. Taking advantage of the unprecedented quality of structural data, we performed molecular dynamics simulations on the entire ion channel as well as on a reduced model. We calculated potentials of mean force for Ba2+, Ca2+, Mg2+, K+, Na+ and Cl− ions using umbrella sampling to identify the key residues involved in ion permeation. We found two main binding sites for the cations, whereas the channel is strongly repulsive for chloride ions. Furthermore, the data is consistent with the model that the receptor achieves its ion selectivity by over-affinity for divalent cations in a calcium-block-like fashion. We reproduced the experimental conductance for potassium ions in permeation simulations with applied voltage. The analysis of the permeation paths shows that ions exit the pore via multiple pathways, which we suggest to be related to the experimental observation of different subconducting states
DOI:doi:10.1038/s41598-018-25061-z
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Volltext ; Verlag ; Resolving-System: https://www.nature.com/articles/s41598-018-25061-z
 Volltext: http://dx.doi.org/10.1038/s41598-018-25061-z
 DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-018-25061-z
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
K10plus-PPN:1672174112
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

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