Navigation überspringen
Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

Verfügbarkeit
Standort: ---
Exemplare: ---
heiBIB
 Online-Ressource
Verfasst von:Johann, Pascal-David [VerfasserIn]   i
 Jäger, Natalie [VerfasserIn]   i
 Pfister, Stefan [VerfasserIn]   i
 Sill, Martin [VerfasserIn]   i
Titel:RF_Purify
Titelzusatz:a novel tool for comprehensive analysis of tumor-purity in methylation array data based on random forest regression
Verf.angabe:Pascal David Johann, Natalie Jäger, Stefan M. Pfister and Martin Sill
E-Jahr:2019
Jahr:16 August 2019
Umfang:9 S.
Teil:volume:20
 year:2019
 extent:9
Fussnoten:Gesehen am 11.11.2019
Titel Quelle:Enthalten in: BMC bioinformatics
Ort Quelle:London : BioMed Central, 2000
Jahr Quelle:2019
Band/Heft Quelle:20(2019) Artikel-Nummer 428, 9 Seiten
ISSN Quelle:1471-2105
Abstract:With the advent of array-based techniques to measure methylation levels in primary tumor samples, systematic investigations of methylomes have widely been performed on a large number of tumor entities. Most of these approaches are not based on measuring individual cell methylation but rather the bulk tumor sample DNA, which contains a mixture of tumor cells, infiltrating immune cells and other stromal components. This raises questions about the purity of a certain tumor sample, given the varying degrees of stromal infiltration in different entities. Previous methods to infer tumor purity require or are based on the use of matching control samples which are rarely available. Here we present a novel, reference free method to quantify tumor purity, based on two Random Forest classifiers, which were trained on ABSOLUTE as well as ESTIMATE purity values from TCGA tumor samples. We subsequently apply this method to a previously published, large dataset of brain tumors, proving that these models perform well in datasets that have not been characterized with respect to tumor purity .
DOI:doi:10.1186/s12859-019-3014-z
URL:Bitte beachten Sie: Dies ist ein Bibliographieeintrag. Ein Volltextzugriff für Mitglieder der Universität besteht hier nur, falls für die entsprechende Zeitschrift/den entsprechenden Sammelband ein Abonnement besteht oder es sich um einen OpenAccess-Titel handelt.

Volltext: https://doi.org/10.1186/s12859-019-3014-z
 Verlag: https://doi.org/10.1186/s12859-019-3014-z
 DOI: https://doi.org/10.1186/s12859-019-3014-z
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
K10plus-PPN:1681600277
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

Permanenter Link auf diesen Titel (bookmarkfähig):  https://katalog.ub.uni-heidelberg.de/titel/68453111   QR-Code
zum Seitenanfang