Generalisierte Markov-Modellierung

• Verfasst von: Reuter, Bernhard [VerfasserIn]
• Titel: Generalisierte Markov-Modellierung
• Titelzusatz: Modellierung irreversibler β-Amyloid-Peptid-Dynamik unter Mikrowelleneinfluss
• Mitwirkende: Weber, Marcus [VerfasserIn eines Geleitwortes]
• Institutionen: Springer Spektrum [Verlag]
• Werktitel: Generalisierte Markov-Modellierung von Nichtgleichgewichtssystemen – Simulation und Modellierung der Amyloid-β-(1-40)-Konformationsdynamik unter Mikrowelleneinfluss
• Verf.angabe: Bernhard Reuter ; mit einem Geleitwort von PD Dr. Marcus Weber
• Verlagsort: Wiesbaden ; [Heidelberg]
• Verlag: Springer Spektrum
• E-Jahr: 2020
• Jahr: [2020]
• Umfang: 1 Online-Ressource (VIII, 172 Seiten, 44 Abb., 15 Abb. in Farbe.)
• Gesamttitel/Reihe: Research
• Gesamttitel/Reihe: Springer eBook Collection
• Fussnoten: Dissertation erschienen unter dem Titel: Generalisierte Markov-Modellierung von Nichtgleichgewichtssystemen – Simulation und Modellierung der Amyloid-β-(1-40)-Konformationsdynamik unter Mikrowelleneinfluss
• Hochschulschrift: Dissertation, Universität Kassel, 2018
• ISBN: 978-3-658-29712-1
• DOI: doi:10.1007/978-3-658-29712-1
• Schlagwörter: (s)Konformation / (s)Mikrowelle / (s)Molekulardynamik / (s)Markov-Modell
• Datenträger: Online-Ressource
• Dokumenttyp: Hochschulschrift
• Sprache: ger
• Bibliogr. Hinweis: Erscheint auch als : Druck-Ausgabe: Reuter, Bernhard: Generalisierte Markov-Modellierung. - Wiesbaden : Springer Spektrum, 2020. - VIII, 172 Seiten
• RVK-Notation: SK 850
• K10plus-PPN: 1694055426
• K10plus-PPN:
  Universitätsbibliothek
• Lokale URL UB: Zum Volltext
• Lokale URL UB: Bibliothek der Medizinischen Fakultät Mannheim der Universität Heidelberg
• Bibliothek/Idn: UW / m3618513437
• Lokale URL Inst.: Zum Volltext

Abstract

Zur Notwendigkeit einer Generalisierung der Markov-Modellierung -- Anwendung: Modellierung der Aβ40-Konformationsdynamik -- Mikrowelleneinfluss auf die Proteinkonformationsdynamik.

Abstract

Markov State Models (MSM) sind der Goldstandard zur Modellierung biomolekularer Dynamik, da sie die Identifizierung und Analyse metastabiler Zustände ermöglichen. Die robuste Perron-Cluster-Cluster-Analyse (PCCA+) ist ein verbreiteter Spectral-Clustering-Algorithmus, der für das Clustering hochdimensionaler MSM verwendet wird. Da die PCCA+ auf reversible Prozesse beschränkt ist, wird sie zur Generalisierten PCCA+ (G-PCCA) verallgemeinert, die geeignet ist, nichtreversible Prozesse aufzuklären. Bernhard Reuter untersucht hier mittels G-PCCA die nichtthermischen Auswirkungen von Mikrowellen auf die Proteindynamik. Dazu führt er molekulardynamische Nichtgleichgewichtssimulationen des Amyloid-β-(1–40)-Peptids durch und modelliert diese. Der Inhalt Zur Notwendigkeit einer Generalisierung der Markov-Modellierung Anwendung: Modellierung der Aβ40-Konformationsdynamik Mikrowelleneinfluss auf die Proteinkonformationsdynamik Die Zielgruppen Dozierende und Studierende der Fachgebiete Biophysik und -informatik, Theoretische Chemie, Computerchemie sowie Mathematik Praktisch Tätige in der Forschung und Entwicklung in diesen Fachgebieten Der Autor Bernhard Reuter forscht in der Gruppe Methoden der Medizininformatik an der Eberhard-Karls-Universität Tübingen und der Gruppe Computational Molecular Design am Zuse Institut Berlin. Ein Schwerpunkt seiner Forschung ist die Simulation und Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtssysteme. Er entwickelt u.a. datenbasierte Methoden zur Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtsprozesse.