Navigation überspringen
Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

Verfügbarkeit
Standort: ---
Exemplare: ---
heiBIB
 Online-Ressource
Verfasst von:Imkeller, Katharina [VerfasserIn]   i
 Ambrosi, Giulia [VerfasserIn]   i
 Boutros, Michael [VerfasserIn]   i
 Huber, Wolfgang [VerfasserIn]   i
Titel:Gscreend
Titelzusatz:modelling asymmetric count ratios in CRISPR screens to decrease experiment size and improve phenotype detection
Verf.angabe:Katharina Imkeller, Giulia Ambrosi, Michael Boutros and Wolfgang Huber
E-Jahr:2020
Jahr:02 March 2020
Umfang:13 S.
Fussnoten:Gesehen am 27.04.2020
Titel Quelle:Enthalten in: Genome biology
Ort Quelle:London : BioMed Central, 2000
Jahr Quelle:2020
Band/Heft Quelle:21(2020) Artikel-Nummer 53, 13 Seiten
ISSN Quelle:1474-760X
Abstract:Pooled CRISPR screens are a powerful tool to probe genotype-phenotype relationships at genome-wide scale. However, criteria for optimal design are missing, and it remains unclear how experimental parameters affect results. Here, we report that random decreases in gRNA abundance are more likely than increases due to bottle-neck effects during the cell proliferation phase. Failure to consider this asymmetry leads to loss of detection power. We provide a new statistical test that addresses this problem and improves hit detection at reduced experiment size. The method is implemented in the R package gscreend, which is available at http://bioconductor.org/packages/gscreend.
DOI:doi:10.1186/s13059-020-1939-1
URL:Bitte beachten Sie: Dies ist ein Bibliographieeintrag. Ein Volltextzugriff für Mitglieder der Universität besteht hier nur, falls für die entsprechende Zeitschrift/den entsprechenden Sammelband ein Abonnement besteht oder es sich um einen OpenAccess-Titel handelt.

Volltext: https://doi.org/10.1186/s13059-020-1939-1
 DOI: https://doi.org/10.1186/s13059-020-1939-1
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
K10plus-PPN:1696146275
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

Permanenter Link auf diesen Titel (bookmarkfähig):  https://katalog.ub.uni-heidelberg.de/titel/68570469   QR-Code
zum Seitenanfang