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Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

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 Online-Ressource
Verfasst von:Eck, Simon [VerfasserIn]   i
 Wörz, Stefan [VerfasserIn]   i
 Müller-Ott, Katharina [VerfasserIn]   i
 Hahn, Matthias [VerfasserIn]   i
 Biesdorf, Andreas [VerfasserIn]   i
 Schotta, Gunnar [VerfasserIn]   i
 Rippe, Karsten [VerfasserIn]   i
 Rohr, Karl [VerfasserIn]   i
Titel:A spherical harmonics intensity model for 3D segmentation and 3D shape analysis of heterochromatin foci
Verf.angabe:Simon Eck, Stefan Wörz, Katharina Müller-Ott, Matthias Hahn, Andreas Biesdorf, Gunnar Schotta, Karsten Rippe, Karl Rohr
E-Jahr:2016
Jahr:17 March 2016
Umfang:14 S.
Fussnoten:Gesehen am 05.05.2020
Titel Quelle:Enthalten in: Medical image analysis
Ort Quelle:Amsterdam [u.a.] : Elsevier Science, 1996
Jahr Quelle:2016
Band/Heft Quelle:32(2016), Seite 18-31
ISSN Quelle:1361-8423
Abstract:The genome is partitioned into regions of euchromatin and heterochromatin. The organization of heterochromatin is important for the regulation of cellular processes such as chromosome segregation and gene silencing, and their misregulation is linked to cancer and other diseases. We present a model-based approach for automatic 3D segmentation and 3D shape analysis of heterochromatin foci from 3D confocal light microscopy images. Our approach employs a novel 3D intensity model based on spherical harmonics, which analytically describes the shape and intensities of the foci. The model parameters are determined by fitting the model to the image intensities using least-squares minimization. To characterize the 3D shape of the foci, we exploit the computed spherical harmonics coefficients and determine a shape descriptor. We applied our approach to 3D synthetic image data as well as real 3D static and real 3D time-lapse microscopy images, and compared the performance with that of previous approaches. It turned out that our approach yields accurate 3D segmentation results and performs better than previous approaches. We also show that our approach can be used for quantifying 3D shape differences of heterochromatin foci.
DOI:doi:10.1016/j.media.2016.03.001
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Volltext ; Verlag: https://doi.org/10.1016/j.media.2016.03.001
 Volltext: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1361841516300019
 DOI: https://doi.org/10.1016/j.media.2016.03.001
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
Sach-SW:3D parametric intensity model
 Confocal light microscopy
 Pericentric heterochromatin
 Spherical harmonics
K10plus-PPN:1697182194
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

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