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Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

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Verfasst von:Michels, Birgitta E. [VerfasserIn]   i
 Mosa, Mohammed H. [VerfasserIn]   i
 Streibl, Barbara I. [VerfasserIn]   i
 Zhan, Tianzuo [VerfasserIn]   i
 Menche, Constantin [VerfasserIn]   i
 Abou-El-Ardat, Khalil [VerfasserIn]   i
 Darvishi, Tahmineh [VerfasserIn]   i
 Członka, Ewelina [VerfasserIn]   i
 Wagner, Sebastian [VerfasserIn]   i
 Winter, Jan [VerfasserIn]   i
 Medyouf, Hind [VerfasserIn]   i
 Boutros, Michael [VerfasserIn]   i
 Farin, Henner F. [VerfasserIn]   i
Titel:Pooled in vitro and in vivo CRISPR-Cas9 screening identifies tumor suppressors in human colon organoids
Verf.angabe:Birgitta E. Michels, Mohammed H. Mosa, Barbara I. Streibl, Tianzuo Zhan, Constantin Menche, Khalil Abou-El-Ardat, Tahmineh Darvishi, Ewelina Członka, Sebastian Wagner, Jan Winter, Hind Medyouf, Michael Boutros, Henner F. Farin
E-Jahr:2020
Jahr:7 May 2020
Umfang:11 S.
Fussnoten:Gesehen am 10.06.2020
Titel Quelle:Enthalten in: Cell stem cell
Ort Quelle:Amsterdam [u.a.] : Elsevier, 2007
Jahr Quelle:2020
Band/Heft Quelle:26(2020), 5, Seite 782-792
ISSN Quelle:1875-9777
Abstract:Colorectal cancer (CRC) is characterized by prominent genetic and phenotypic heterogeneity between patients. To facilitate high-throughput genetic testing and functional identification of tumor drivers, we developed a platform for pooled CRISPR-Cas9 screening in human colon organoids. Using transforming growth factor β (TGF-β) resistance as a paradigm to establish sensitivity and scalability in vitro, we identified optimal conditions and strict guide RNA (gRNA) requirements for screening in 3D organoids. We then screened a pan-cancer tumor suppressor gene (TSG) library in pre-malignant organoids with APC−/−;KRASG12D mutations, which were xenografted to study clonal advantages in context of a complex tumor microenvironment. We identified TGFBR2 as the most prevalent TSG, followed by known and previously uncharacterized mediators of CRC growth. gRNAs were validated in a secondary screen using unique molecular identifiers (UMIs) to adjust for clonal drift and to distinguish clone size and abundance. Together, these findings highlight a powerful organoid-based platform for pooled CRISPR-Cas9 screening for patient-specific functional genomics.
DOI:doi:10.1016/j.stem.2020.04.003
URL:Bitte beachten Sie: Dies ist ein Bibliographieeintrag. Ein Volltextzugriff für Mitglieder der Universität besteht hier nur, falls für die entsprechende Zeitschrift/den entsprechenden Sammelband ein Abonnement besteht oder es sich um einen OpenAccess-Titel handelt.

Volltext: https://doi.org/10.1016/j.stem.2020.04.003
 Volltext: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1934590920301429
 DOI: https://doi.org/10.1016/j.stem.2020.04.003
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
Sach-SW:clonal drift
 colorectal cancer
 human colonic stem cells
 lentiviral barcoding
 non-homologous end joining
 patient-derived organoids
 pooled-barcoded CRISPR-Cas9 screening
 tumor microenvironment
 tumor suppressor genes
 unique molecular identifiers
K10plus-PPN:1700352989
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

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