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Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

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 Online-Ressource
Verfasst von:Zimmer, Christoph [VerfasserIn]   i
 Häkkinen, Antti [VerfasserIn]   i
 Ribeiro, André Strecht [VerfasserIn]   i
Titel:Estimation of kinetic parameters of transcription from temporal single-RNA measurements
Verf.angabe:Christoph Zimmer, Antti Häkkinen, Andre S. Ribeiro
Jahr:2016
Jahr des Originals:2015
Umfang:7 S.
Fussnoten:Gesehen am 29.09.2020 ; Available online 30 October 2015
Titel Quelle:Enthalten in: Mathematical biosciences
Ort Quelle:New York, NY : American Elsevier, 1967
Jahr Quelle:2016
Band/Heft Quelle:271(2016), Seite 146-153
ISSN Quelle:1879-3134
Abstract:Gene expression dynamics in prokaryotes is largely controlled by the multi-step process of transcription initiation whose kinetics is subject to regulation. Since the number and duration of these steps cannot be currently measured in vivo, we propose a novel method for estimating them from time series of RNA numbers in individual cells. We demonstrate the method’s applicability on measurements of fluorescence-tagged RNA molecules in Escherichia coli cells, and compare with a previous method. We show that the results of the two methods agree for equal data. We also show that, when incorporating additional data, the new method produces significantly different estimates, which are in closer agreement with qPCR measurements. Unlike the previous method, the new method requires no preprocessing of the RNA numbers, using maximal information from the RNA time series. In addition, it can use data outside of the observed RNA productions. Overall, the new method characterizes the transcription initiation process with enhanced detail.
DOI:doi:10.1016/j.mbs.2015.10.001
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Volltext ; Verlag: https://doi.org/10.1016/j.mbs.2015.10.001
 Volltext: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0025556415001960
 DOI: https://doi.org/10.1016/j.mbs.2015.10.001
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
Sach-SW:Parameter estimation
 Single-RNA measurements
 Stochastic modeling
 Transcription dynamics
K10plus-PPN:1733895019
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

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