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Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

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 Online-Ressource
Verfasst von:Loghmani, Seyed Babak [VerfasserIn]   i
 Veith, Nadine [VerfasserIn]   i
 Sahle, Sven [VerfasserIn]   i
 Bergmann, Frank T. [VerfasserIn]   i
 Olivier, Brett G. [VerfasserIn]   i
 Kummer, Ursula [VerfasserIn]   i
Titel:Inspecting the solution space of genome-scale metabolic models
Verf.angabe:Seyed Babak Loghmani, Nadine Veith, Sven Sahle, Frank T. Bergmann, Brett G. Olivier and Ursula Kummer
E-Jahr:2022
Jahr:5 January 2022
Umfang:20 S.
Fussnoten:Gesehen am 05.05.2022
Titel Quelle:Enthalten in: Metabolites
Ort Quelle:Basel : MDPI, 2011
Jahr Quelle:2022
Band/Heft Quelle:12(2022), 1, Artikel-ID 43, Seite 1-20
ISSN Quelle:2218-1989
Abstract:Genome-scale metabolic models are frequently used in computational biology. They offer an integrative view on the metabolic network of an organism without the need to know kinetic information in detail. However, the huge solution space which comes with the analysis of genome-scale models by using, e.g., Flux Balance Analysis (FBA) poses a problem, since it is hard to thoroughly investigate and often only an arbitrarily selected individual flux distribution is discussed as an outcome of FBA. Here, we introduce a new approach to inspect the solution space and we compare it with other approaches, namely Flux Variability Analysis (FVA) and CoPE-FBA, using several different genome-scale models of lactic acid bacteria. We examine the extent to which different types of experimental data limit the solution space and how the robustness of the system increases as a result. We find that our new approach to inspect the solution space is a good complementary method that offers additional insights into the variance of biological phenotypes and can help to prevent wrong conclusions in the analysis of FBA results.
DOI:doi:10.3390/metabo12010043
URL:Bitte beachten Sie: Dies ist ein Bibliographieeintrag. Ein Volltextzugriff für Mitglieder der Universität besteht hier nur, falls für die entsprechende Zeitschrift/den entsprechenden Sammelband ein Abonnement besteht oder es sich um einen OpenAccess-Titel handelt.

Volltext ; Verlag: https://doi.org/10.3390/metabo12010043
 Volltext: https://www.mdpi.com/2218-1989/12/1/43
 DOI: https://doi.org/10.3390/metabo12010043
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
Sach-SW:constraints
 FBA
 FVA
 perturbation
 robustness
 sensitivity
 solution space
K10plus-PPN:1801067317
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

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