| |  Online-Ressource |
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| Verfasst von: | Kirschbaum, Elke [VerfasserIn]  |
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| | Haußmann, Manuel [VerfasserIn] |
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| | Wolf, Steffen [VerfasserIn] |
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| | Sonntag, Hannah [VerfasserIn] |
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| | Schneider, Justus [VerfasserIn] |
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| | Elzoheiry, Shehabeldin [VerfasserIn] |
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| | Kann, Oliver [VerfasserIn] |
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| | Durstewitz, Daniel [VerfasserIn] |
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| | Hamprecht, Fred [VerfasserIn] |
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| Titel: | LeMoNADe |
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| Titelzusatz: | Learned Motif and Neuronal Assembly Detection in calcium imaging videos |
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| Verf.angabe: | Elke Kirschbaum, Manuel Haußmann, Steffen Wolf, Hannah Sonntag, Justus Schneider, Shehabeldin Elzoheiry, Oliver Kann, Daniel Durstewitz, Fred A. Hamprecht |
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| E-Jahr: | 2018 |
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| Jahr: | 26 June 2018 |
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| Umfang: | 28 S. |
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| Fussnoten: | Identifizierung der Ressource nach: Last revised 22 Feb 2019 ; Gesehen am 13.07.2022 |
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| Titel Quelle: | Enthalten in: De.arxiv.org |
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| Ort Quelle: | [S.l.] : Arxiv.org, 1991 |
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| Jahr Quelle: | 2018 |
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| Band/Heft Quelle: | (2018), Artikel-ID 1806.09963, Seite 1-28 |
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| Abstract: | Neuronal assemblies, loosely defined as subsets of neurons with reoccurring spatio-temporally coordinated activation patterns, or "motifs", are thought to be building blocks of neural representations and information processing. We here propose LeMoNADe, a new exploratory data analysis method that facilitates hunting for motifs in calcium imaging videos, the dominant microscopic functional imaging modality in neurophysiology. Our nonparametric method extracts motifs directly from videos, bypassing the difficult intermediate step of spike extraction. Our technique augments variational autoencoders with a discrete stochastic node, and we show in detail how a differentiable reparametrization and relaxation can be used. An evaluation on simulated data, with available ground truth, reveals excellent quantitative performance. In real video data acquired from brain slices, with no ground truth available, LeMoNADe uncovers nontrivial candidate motifs that can help generate hypotheses for more focused biological investigations. |
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| DOI: | doi:10.48550/arXiv.1806.09963 |
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| URL: | Bitte beachten Sie: Dies ist ein Bibliographieeintrag. Ein Volltextzugriff für Mitglieder der Universität besteht hier nur, falls für die entsprechende Zeitschrift/den entsprechenden Sammelband ein Abonnement besteht oder es sich um einen OpenAccess-Titel handelt.
Volltext ; Verlag: https://doi.org/10.48550/arXiv.1806.09963 |
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| | Volltext: http://arxiv.org/abs/1806.09963 |
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| | DOI: https://doi.org/10.48550/arXiv.1806.09963 |
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| Datenträger: | Online-Ressource |
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| Sprache: | eng |
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| Sach-SW: | Quantitative Biology - Neurons and Cognition |
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| K10plus-PPN: | 1810089891 |
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| Verknüpfungen: | → Sammelwerk |
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