| |  Online-Ressource |
|---|
| Verfasst von: | Wong, John K. L. [VerfasserIn]  |
|---|
| | Jassowicz, Lena [VerfasserIn] |
|---|
| | Herold-Mende, Christel [VerfasserIn] |
|---|
| | Seiffert, Martina [VerfasserIn] |
|---|
| | Mallm, Jan-Philipp [VerfasserIn] |
|---|
| | Lichter, Peter [VerfasserIn] |
|---|
| | Zapatka, Marc [VerfasserIn] |
|---|
| Titel: | scSNPdemux |
|---|
| Titelzusatz: | a sensitive demultiplexing pipeline using single nucleotide polymorphisms for improved pooled single-cell RNA sequencing analysis |
|---|
| Verf.angabe: | John K.L. Wong, Lena Jassowicz, Christel Herold-Mende, Martina Seiffert, Jan-Philipp Mallm, Peter Lichter, Marc Zapatka |
|---|
| E-Jahr: | 2023 |
|---|
| Jahr: | 31 August 2023 |
|---|
| Umfang: | 1-6$t6 |
|---|
| Fussnoten: | Gesehen am 31.10.2023 |
|---|
| Titel Quelle: | Enthalten in: BMC bioinformatics |
|---|
| Ort Quelle: | London : BioMed Central, 2000 |
|---|
| Jahr Quelle: | 2023 |
|---|
| Band/Heft Quelle: | 24(2023), 1, Artikel-ID 326 |
|---|
| ISSN Quelle: | 1471-2105 |
|---|
| Abstract: | Here we present scSNPdemux, a sample demultiplexing pipeline for single-cell RNA sequencing data using natural genetic variations in humans. The pipeline requires alignment files from Cell Ranger (10× Genomics), a population SNP database and genotyped single nucleotide polymorphisms (SNPs) per sample. The tool works on sparse genotyping data in VCF format for sample identification. |
|---|
| DOI: | doi:10.1186/s12859-023-05440-8 |
|---|
| URL: | Bitte beachten Sie: Dies ist ein Bibliographieeintrag. Ein Volltextzugriff für Mitglieder der Universität besteht hier nur, falls für die entsprechende Zeitschrift/den entsprechenden Sammelband ein Abonnement besteht oder es sich um einen OpenAccess-Titel handelt.
kostenfrei: Volltext: https://doi.org/10.1186/s12859-023-05440-8 |
|---|
| | DOI: https://doi.org/10.1186/s12859-023-05440-8 |
|---|
| Datenträger: | Online-Ressource |
|---|
| Sprache: | eng |
|---|
| Sach-SW: | Sample demultiplexing |
|---|
| | Sample pooling |
|---|
| | Single nucleotide polymorphisms |
|---|
| | Single-cell |
|---|
| K10plus-PPN: | 1868876365 |
|---|
| Verknüpfungen: | → Zeitschrift |
|---|
scSNPdemux / Wong, John K. L. [VerfasserIn]; 31 August 2023 (Online-Ressource)
