Navigation überspringen
Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

Verfügbarkeit
Standort: ---
Exemplare: ---
heiBIB
 Online-Ressource
Verfasst von:Braband, Kathrin Luise [VerfasserIn]   i
 Nedwed, Annekathrin Silvia [VerfasserIn]   i
 Helbich, Sara Salome [VerfasserIn]   i
 Simon, Malte [VerfasserIn]   i
 Beumer, Niklas [VerfasserIn]   i
 Brors, Benedikt [VerfasserIn]   i
 Marini, Federico [VerfasserIn]   i
 Delacher, Michael [VerfasserIn]   i
Titel:Using single-cell chromatin accessibility sequencing to characterize CD4+ T cells from murine tissues
Verf.angabe:Kathrin Luise Braband, Annekathrin Silvia Nedwed, Sara Salome Helbich, Malte Simon, Niklas Beumer, Benedikt Brors, Federico Marini and Michael Delacher
E-Jahr:2023
Jahr:16 October 2023
Umfang:33 S.
Illustrationen:Illustrationen
Fussnoten:Gesehen am 05.12.2023
Titel Quelle:Enthalten in: Frontiers in immunology
Ort Quelle:Lausanne : Frontiers Media, 2010
Jahr Quelle:2023
Band/Heft Quelle:14(2023), Seite 1-33
ISSN Quelle:1664-3224
Abstract:The Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing (ATAC-seq) is a cutting-edge technology that enables researchers to assess genome-wide chromatin accessibility and to characterize cell type specific gene-regulatory programs. Recent technological progress allows for using this technology also on the single-cell level. In this article, we describe the whole value chain from the isolation of T cells from murine tissues to a complete bioinformatic analysis workflow. We start with methods for isolating scATAC-seq-ready CD4+ T cells from murine tissues such as visceral adipose tissue, skin, colon, and secondary lymphoid tissues such as the spleen. We describe the preparation of nuclei and quality control parameters during library preparation. Based on publicly available sequencing data that was generated using these protocols, we describe a step-by-step bioinformatic analysis pipeline for data pre-processing and downstream analysis. Our analysis workflow will follow the R-based bioinformatics framework ArchR, which is currently well established for scATAC-seq datasets. All in all, this work serves as a one-stop shop for generating and analyzing chromatin accessibility landscapes in T cells.
DOI:doi:10.3389/fimmu.2023.1232511
URL:Bitte beachten Sie: Dies ist ein Bibliographieeintrag. Ein Volltextzugriff für Mitglieder der Universität besteht hier nur, falls für die entsprechende Zeitschrift/den entsprechenden Sammelband ein Abonnement besteht oder es sich um einen OpenAccess-Titel handelt.

kostenfrei: Volltext: https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1232511
 kostenfrei: Volltext: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2023.1232511
 DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1232511
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
K10plus-PPN:1872027431
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

Permanenter Link auf diesen Titel (bookmarkfähig):  https://katalog.ub.uni-heidelberg.de/titel/69149731   QR-Code
zum Seitenanfang