GenomeTornadoPlot

• Verfasst von: Hong, Chen [VerfasserIn]
• Verfasst von: Thiele, Robin [VerfasserIn]
• Verfasst von: Feuerbach, Lars [VerfasserIn]
• Titel: GenomeTornadoPlot
• Titelzusatz: a novel R package for CNV visualization and focality analysis
• Verf.angabe: Chen Hong, Robin Thiele and Lars Feuerbach
• Verlagsort: International Society for Computational Biology (ISCB)
• Verlagsort: Heidelberg
• Verlag: Universitätsbibliothek Heidelberg
• Jahr: 2022
• Jahr: 2022
• Umfang: 1 Online-Ressource (3 Seiten)
• Illustrationen: Illustrationen
• Fussnoten: In: Bioinformatics, 38(7), 2022, 2036-2038, 38 (31 January 2022), Nr. 7. pp. 2036-2038
• Weitere Titel: Übersetzung des Haupttitels: Zusammenfassung Motivation: Die Analyse von fokalen Kopienzahlvariationen (CNVs) ist für die Krebsforschung von großer Bedeutung, da sie die Treibergene. Insbesondere sind aufgrund des Selektionsdrucks Onkogene und Tumorsuppressorgene häufiger von diesen Ereignissen betroffen als von diesen Ereignissen betroffen als benachbarte Passagiere. In Fällen, in denen mehrere Kandidaten gleichzeitig an einem genomischen Locus befinden, ist ein sorgfältiger Vergleich erforderlich, um entweder multigene, minimal deletierte Regionen mit synergistischen Co Mutationen oder das tatsächliche einzige treibende Gen zu identifizieren. Die Untersuchung von fokalen CNVs in großen Krebsgenomkohorten erfordert eine spezielle Visualisierung und statistische Analyse. Ergebnisse: Wir haben das R-Paket GenomeTornadoPlot entwickelt, das gen-zentrierte Visualisierungen von CNV Typen, Positionen und Längen aus kohortenweisen NGS-Daten erzeugt. Darüber hinaus ermöglicht die Software den paarweisen Vergleich von benachbarten Genen, um Ko-Mutationsmuster oder Treiber-Passagier-Hierarchien zu identifizieren. Die visuelle Untersuchung, die GenomeTornadoPlot unterstützt die visuelle Betrachtung durch eine anpassbare lokale und globale Fokalitätsauswertung. Integriert in das GenomeTornadoPlot R-Package ist die umfassende PCAWG-Datenbank von CNVs integriert, die 2976 Krebsgenom Krebsgenom-Entitäten aus 46 Kohorten des Projekts Pan-cancer Analysis of Whole Genomes. Das GenomeTornadoPlot R-Package kann verwendet werden, um explorative oder hypothesengesteuerte Analysen auf der Grundlage der PCAWG-Daten oder in Kombination mit vom Nutzer bereitgestellten Daten.
• URN: urn:nbn:de:bsz:16-heidok-344839
• Datenträger: Online-Ressource
• Sprache: eng
• Sach-SW: genometornadoplot
• Sach-SW: R Package
• Sach-SW: CNV
• Sach-SW: CNV visualization
• K10plus-PPN: 1882203097
• K10plus-PPN:
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• Lokale URL UB: Zum Volltext