| |  Online-Ressource |
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| Verfasst von: | Dimitrov, Daniel [VerfasserIn]  |
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| | Schäfer, Philipp [VerfasserIn] |
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| | Farr, Elias [VerfasserIn] |
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| | Rodriguez Mier, Pablo [VerfasserIn] |
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| | Lobentanzer, Sebastian [VerfasserIn] |
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| | Badia-i-Mompel, Pau [VerfasserIn] |
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| | Dugourd, Aurélien [VerfasserIn] |
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| | Tanevski, Jovan [VerfasserIn] |
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| | Ramirez Flores, Ricardo O. [VerfasserIn] |
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| | Sáez Rodríguez, Julio [VerfasserIn] |
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| Titel: | LIANA+ provides an all-in-one framework for cell-cell communication inference |
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| Verf.angabe: | Daniel Dimitrov, Philipp Sven Lars Schäfer, Elias Farr, Pablo Rodriguez-Mier, Sebastian Lobentanzer, Pau Badia-i-Mompel, Aurelien Dugourd, Jovan Tanevski, Ricardo Omar Ramirez Flores & Julio Saez-Rodriguez |
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| E-Jahr: | 2024 |
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| Jahr: | 02 September 2024 |
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| Umfang: | 30 S. |
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| Fussnoten: | Gesehen am 07.10.2024 |
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| Titel Quelle: | Enthalten in: Nature cell biology |
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| Ort Quelle: | New York, NY : Nature America, 1999 |
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| Jahr Quelle: | 2024 |
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| Band/Heft Quelle: | 26(2024), 9, Seite 1613-1622 |
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| ISSN Quelle: | 1476-4679 |
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| Abstract: | The growing availability of single-cell and spatially resolved transcriptomics has led to the development of many approaches to infer cell-cell communication, each capturing only a partial view of the complex landscape of intercellular signalling. Here we present LIANA+, a scalable framework built around a rich knowledge base to decode coordinated inter- and intracellular signalling events from single- and multi-condition datasets in both single-cell and spatially resolved data. By extending and unifying established methodologies, LIANA+ provides a comprehensive set of synergistic components to study cell-cell communication via diverse molecular mediators, including those measured in multi-omics data. LIANA+ is accessible at https://github.com/saezlab/liana-pywith extensive vignettes (https://liana-py.readthedocs.io/) and provides an all-in-one solution to intercellular communication inference. |
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| DOI: | doi:10.1038/s41556-024-01469-w |
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| URL: | Bitte beachten Sie: Dies ist ein Bibliographieeintrag. Ein Volltextzugriff für Mitglieder der Universität besteht hier nur, falls für die entsprechende Zeitschrift/den entsprechenden Sammelband ein Abonnement besteht oder es sich um einen OpenAccess-Titel handelt.
kostenfrei: Volltext: https://doi.org/10.1038/s41556-024-01469-w |
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| | kostenfrei: Volltext: https://www.nature.com/articles/s41556-024-01469-w |
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| | DOI: https://doi.org/10.1038/s41556-024-01469-w |
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| Datenträger: | Online-Ressource |
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| Sprache: | eng |
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| Sach-SW: | Cellular signalling networks |
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| | Computer modelling |
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| K10plus-PPN: | 1904923941 |
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| Verknüpfungen: | → Zeitschrift |
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LIANA+ provides an all-in-one framework for cell-cell communication inference / Dimitrov, Daniel [VerfasserIn]; 02 September 2024 (Online-Ressource)
