Navigation überspringen
Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

Verfügbarkeit
Standort: ---
Exemplare: ---
heiBIB
 Online-Ressource
Verfasst von:Braunger, Jana M. [VerfasserIn]   i
 Velten, Britta [VerfasserIn]   i
Titel:Guide assignment in single-cell CRISPR screens using crispat
Verf.angabe:Jana M. Braunger and Britta Velten
E-Jahr:2024
Jahr:September 2024
Umfang:6 S.
Illustrationen:Illustrationen
Fussnoten:Online verfügbar: 6. September 2024, Artikelversion: 13. September 2024 ; Gesehen am 12.02.2025
Titel Quelle:Enthalten in: Bioinformatics
Ort Quelle:Oxford : Oxford Univ. Press, 1998
Jahr Quelle:2024
Band/Heft Quelle:40(2024), 9 vom: Sept., Artikel-ID btae535, Seite 1-6
ISSN Quelle:1367-4811
Abstract:Pooled single-cell CRISPR screens have emerged as a powerful tool in functional genomics to probe the effect of genetic interventions at scale. A crucial step in the analysis of the resulting data is the assignment of cells to gRNAs corresponding to a specific genetic intervention. However, this step is challenging due to a lack of systematic benchmarks and accessible software to apply and compare different guide assignment strategies. To address this, we here propose crispat (CRISPR guide assignment tool), a Python package to facilitate the choice of a suitable guide assignment strategy for single-cell CRISPR screens.We demonstrate the package on four single-cell CRISPR interference screens at low multiplicity of infection from two studies, where crispat identifies strong differences in the number of assigned cells, downregulation of the target genes and number of discoveries across different guide assignment strategies, highlighting the need for a suitable guide assignment strategy to obtain optimal power in single-cell CRISPR screens.crispat is implemented in python, the source code, installation instructions and tutorials can be found at https://github.com/velten-group/crispat and it can be installed from PyPI (https://pypi.org/project/crispat/). Code to reproduce all findings in this paper is available at https://github.com/velten-group/crispat_analysis, as well as at https://zenodo.org/records/13373265.
DOI:doi:10.1093/bioinformatics/btae535
URL:Bitte beachten Sie: Dies ist ein Bibliographieeintrag. Ein Volltextzugriff für Mitglieder der Universität besteht hier nur, falls für die entsprechende Zeitschrift/den entsprechenden Sammelband ein Abonnement besteht oder es sich um einen OpenAccess-Titel handelt.

kostenfrei: Volltext: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae535
 kostenfrei: Volltext: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/40/9/btae535/7750392?login=true
 DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae535
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
K10plus-PPN:1917095031
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

Permanenter Link auf diesen Titel (bookmarkfähig):  https://katalog.ub.uni-heidelberg.de/titel/69303678   QR-Code
zum Seitenanfang