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Universitätsbibliothek Heidelberg
Status: Bibliographieeintrag

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 Online-Ressource
Verfasst von:Bereau, Tristan [VerfasserIn]   i
 Walter, Luis J. [VerfasserIn]   i
 Rudzinski, Joseph [VerfasserIn]   i
Titel:Martignac
Titelzusatz:computational workflows for reproducible, traceable, and composable coarse-grained Martini simulations
Verf.angabe:Tristan Bereau, Luis J. Walter, and Joseph F. Rudzinski
E-Jahr:2024
Jahr:December 2, 2024
Umfang:11 S.
Illustrationen:Illustrationen
Fussnoten:Gesehen am 11.06.2025
Titel Quelle:Enthalten in: Journal of chemical information and modeling
Ort Quelle:Washington, DC : American Chemical Society, 2005
Jahr Quelle:2024
Band/Heft Quelle:64(2024), 24, Seite 9413-9423
ISSN Quelle:1549-960X
Abstract:Despite their wide use and far-reaching implications, molecular dynamics (MD) simulations suffer from a lack of both traceability and reproducibility. We introduce Martignac: computational workflows for the coarse-grained (CG) Martini force field. Martignac describes Martini CG MD simulations as an acyclic directed graph, providing the entire history of a simulation─from system preparation to property calculations. Martignac connects to NOMAD, such that all simulation data generated are automatically normalized and stored according to the FAIR principles. We present several prototypical Martini workflows, including system generation of simple liquids and bilayers, as well as free-energy calculations for solute solvation in homogeneous liquids and drug permeation in lipid bilayers. By connecting to the NOMAD database to automatically pull existing simulations and push any new simulation generated, Martignac contributes to improving the sustainability and reproducibility of molecular simulations.
DOI:doi:10.1021/acs.jcim.4c01754
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Volltext: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c01754
 Volltext: https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.4c01754
 DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c01754
Datenträger:Online-Ressource
Sprache:eng
K10plus-PPN:1927973201
Verknüpfungen:→ Zeitschrift

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